Jusqu'en 2015, micro-entreprise et auto-entrepreneur fonctionnaient selon des régimes distincts, notamment sur les modalités de paiement des cotisations sociales. Cette séparation a pris fin avec l'entrée en vigueur de la loi Pinel le 1er janvier 2016, qui a fusionné ces deux statuts en un seul régime unifié.
Depuis cette harmonisation, il n'existe plus aucune différence fiscale, sociale ou légale entre les deux appellations. Le terme officiel retenu est « micro-entrepreneur », bien que « auto-entrepreneur » reste massivement utilisé dans le langage courant et demeure celui affiché par l'Urssaf sur son portail autoentrepreneur.urssaf.fr, où les professionnels déclarent leur chiffre d'affaires et règlent leurs cotisations sociales.