Par la rédaction de Guide Administratif · Mis à jour le 2 août 2026 · Sources officielles vérifiées
L'agent public malade durant ses congés annuels est placé en congé de maladie sur présentation d'un arrêt de travail, ce qui annule les congés annuels correspondants. Les jours de congés annuels non pris en raison d'un congé pour raison de santé prolongé font l'objet d'un report automatique dans la limite de 4 semaines sur une période de 15 mois. En cas de départ définitif de la fonction publique, les congés non pris pour nécessités de service donnent lieu à une indemnité compensatrice, également plafonnée à 4 semaines.
Pièces à fournir
- Arrêt de travail établi par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme
Préparer mon dossier
Délais
L'administration informe l'agent du nombre de jours reportés et de la date limite d'utilisation dans le mois suivant la reprise de fonctions.
Points de vigilance
- Ne pas transmettre l'arrêt de travail, condition du placement en congé de maladie et de l'annulation des congés annuels
- Laisser expirer le délai de report de 15 mois : les congés non pris sont alors perdus sans indemnité, sauf départ définitif
- Confondre report et cumul : la durée reportée est limitée à 4 semaines maximum
- Ignorer que la disponibilité d'office pour raison de santé et le congé de maladie non rémunéré n'ouvrent pas droit à l'acquisition de congés annuels
Questions fréquentes
Que deviennent les congés annuels si l'agent tombe malade pendant cette période ?
L'agent est placé en congé de maladie sur présentation d'un arrêt de travail. Le congé de maladie annule les jours de congé annuel concernés, qui peuvent être pris à une date ultérieure.
Quelle est la durée maximale de congés annuels pouvant être reportés ?
Le report est limité à 4 semaines maximum, sur une période de 15 mois.
Quand débute la période de report de 15 mois ?
Pour les congés acquis avant le congé pour raison de santé, la période débute à la date de reprise des fonctions. Pour les congés acquis pendant le congé pour raison de santé, elle débute au plus tard à la fin de l'année pour laquelle le congé est dû.
Les congés reportés non pris sont-ils indemnisés ?
Non. Les congés reportés non pris dans le délai imparti sont perdus et ne donnent lieu à aucune indemnité compensatrice, sauf en cas de départ définitif de la fonction publique.
Comment est calculée l'indemnité compensatrice de congé annuel en cas de départ ?
L'indemnisation d'un jour de congé annuel non pris est égale à la rémunération mensuelle brute multipliée par 12, divisée par 250, ce nombre correspondant au nombre moyen de jours ouvrés annuels.
Textes de référence
- Code général de la fonction publique : articles L621-1 à L621-3
- Décret n°84-972 du 26 octobre 1984 relatif aux congés annuels dans la FPE
- Décret n°85-1250 du 26 novembre 1985 relatif aux congés annuels dans la FPT
- Décret n°2002-8 du 4 janvier 2002 relatif aux congés annuels dans la FPH
- Arrêté du 21 juin 2025 relatif aux modalités d'assiette et de calcul de l'indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail dans la fonction publique de l'Etat
- Arrêté du 21 juin 2025 relatif aux modalités d'assiette et de calcul de l'indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail dans la fonction publique territoriale
- Arrêté du 21 juin 2025 relatif aux modalités d'assiette et de calcul de l'indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail dans la fonction publique hospitalière
Un agent public qui tombe malade pendant une période de congé annuel est placé en congé de maladie. En cas d’arrêt de travail prolongé, les congés annuels non pris en raison du congé pour raison de santé peuvent être reportés. Nous vous présentons les conditions de ce report.
Si vous êtes malade pendant une période de congés annuels, vous êtes placé en congé de maladie sur présentation d’un arrêt de travail établi par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme.
Le congé de maladie annule le congé annuel.
Les jours de congé annuel annulés peuvent être pris à une date ultérieure.
Les congés annuels doivent être pris entre le 1er janvier et le 31 décembre. Toutefois, lorsque vous ne pouvez pas prendre tout ou partie de vos congés annuels en raison de congés pour raison de santé, vous avez droit au report automatique de vos congés annuels restant dus sur une période de 15 mois.
La période de 15 mois peut être prolongée sur autorisation exceptionnelle de votre chef de service
Les congés pour raison de santé ouvrant droit au report sont les suivants :
- Congés de maladie, de longue maladie (CLM) ou de longue durée (CLD), congé pour invalidité temporaire imputable au service (Citis), disponibilité d’office pour raison de santé si vous êtes fonctionnaire
- Congés de maladie ou de grave maladie, congé pour accident du travail ou maladie professionnelle, congé de maladie non rémunéré si vous êtes contractuel.
Dans le mois qui suit la date de reprise de vos fonctions, votre administration employeur vous informe, par tout moyen permettant de dater cette information de manière certaine, du nombre de jours de congé annuel reportés et de la date jusqu'à laquelle vous pouvez les prendre.
Les congés annuels qui peuvent être reportés sont les congés acquis avant la mise en congé pour raison de santé et les congés acquis pendant le congé pour raison de santé ou le congé lié aux responsabilités parentales ou familiales.
La période de report de 15 mois débute à la date à laquelle vous recevez l’information sur le nombre de jours reportés et la date limite pour les prendre.
La période de report de 15 mois des jours de congé annuel acquis pendant un congé pour raison de santé débute au plus tard à la fin de l'année pour laquelle le congé annuel est dû si, à cette date, vous bénéficiez de ce congé depuis au moins 1 an. Dans ce cas, lors de votre reprise de fonctions, la période de report de 15 mois, si elle est pas terminée, est suspendue jusqu'à ce que vous ayez reçu l’information sur le nombre de jours reportés et la date limite pour les prendre.
Le nombre de jours de congés annuels qui peuvent être reportés est limité à 4 semaines.
Si vous ne prenez pas les congés reportés dans la période impartie, ils sont perdus et ne donnent lieu à aucune indemnité compensatrice, sauf en cas de départ définitif de la fonction publique.
Si vous êtes absent sur plusieurs années consécutives, les congés non pris à la fin de chaque période de report de 15 mois sont perdus.
Lorsque vous quittez la fonction publique, quel qu’en soit le motif (retraite, démission, fin de contrat,...) et n'avez pas pu prendre tous vos congés annuels avant votre départ, ces congés donnent lieu à une indemnité compensatrice.
La durée des congés annuels non pris qui donnent lieu à indemnité est de 4 semaines maximum.
Votre administration employeur vous informe du nombre de jours de congé annuel non utilisés ou reportés donnant lieu à indemnisation.
L’indemnisation d’un jour de congé annuel non pris est calculée de la manière suivante : (Rémunération mensuelle brute x 12) / 250.
Le nombre 250 est le nombre moyen de jours ouvrés dans une année.
L'indemnité compensatrice de congés annuels est soumise aux mêmes cotisations que votre rémunération.
La rémunération mensuelle brute prise en compte pour le calcul de l'indemnité compensatrice de congé annuel est égal à la dernière rémunération versée lors de votre dernier mois complet d'exercice effectif de vos fonctions.
Cette rémunération tient compte éventuellement des évolutions de votre situation statutaire ou indemnitaire qui sont intervenues entre la dernière date d'exercice effectif de vos fonctions et la date de fin de relation de travail.
Elle comprend le traitement indiciaire, l'indemnité de résidence, le supplément familial de traitement (SFT) et les primes et indemnités.
Toutefois, les éléments de rémunération suivants ne sont pas pris en compte :
- Versements exceptionnels ou occasionnels, notamment liés à l'appréciation individuelle ou collective de la manière de servir
- Remboursement de frais
- Participations au financement des garanties de la protection sociale complémentaire
- Versements exceptionnels ou occasionnels liés aux indemnités relatives aux primo-affectations, aux mobilités et aux réorganisations et toutes autres indemnités de même nature
- Majorations et indexations liées à une affectation outre-mer, lorsque leur versement est interrompu avant la fin de la relation de travail
- Indemnité de résidence à l'étranger lorsque son versement est interrompu avant la fin de la relation de travail
- Indemnités versées en contrepartie d'une activité accessoire et autres indemnités non directement liées à l'emploi
- Versements exceptionnels ou occasionnels de primes et indemnités correspondant à un fait générateur unique
- Indemnités liées à l'organisation du travail et au dépassement effectif du cycle de travail.
Référence :
Congés annuelsCode général de la fonction publique : articles L621-1 à L621-3
Référence :
Décret n°84-972 du 26 octobre 1984 relatif aux congés annuels dans la FPE
Référence :
Décret n°85-1250 du 26 novembre 1985 relatif aux congés annuels dans la FPT
Référence :
Décret n°2002-8 du 4 janvier 2002 relatif aux congés annuels dans la FPH
Référence :
Arrêté du 21 juin 2025 relatif aux modalités d'assiette et de calcul de l'indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail dans la fonction publique de l'Etat
Référence :
Arrêté du 21 juin 2025 relatif aux modalités d'assiette et de calcul de l'indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail dans la fonction publique territoriale
Référence :
Arrêté du 21 juin 2025 relatif aux modalités d'assiette et de calcul de l'indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail dans la fonction publique hospitalière
Définition : Jour ouvré
Jour effectivement travaillé dans une entreprise ou une administration. On en compte 5 par semaine.
Information officielle issue de Service-Public.fr. Guide-Administratif.fr en facilite l'accès et vous oriente vers les organismes près de chez vous.
