Le décret du 29 juillet 2026 réforme en profondeur le régime des arrêts de travail et du temps partiel thérapeutique dans la fonction publique. Ces changements s'appliqueront progressivement : dès le 1er août pour le temps partiel thérapeutique, et à partir du 1er septembre 2026 pour l'ensemble des mesures relatives aux arrêts maladie.
Temps partiel thérapeutique : plus de souplesse dans le renouvellement
Les agents publics concernés par un arrêt de travail pour raison de santé peuvent demander un temps partiel thérapeutique s'il favorise leur maintien en emploi ou leur rééducation professionnelle. Depuis le 1er août, la procédure a changé. L'administration dispose désormais d'un délai de 30 jours maximum pour accepter ou refuser une demande initiale. Toutefois, si la demande intervient à l'issue d'un congé de longue maladie, d'un congé de longue durée, d'un congé pour invalidité temporaire imputable au service ou après une disponibilité pour raison de santé, la décision doit intervenir au plus tard le jour de la reprise du travail. Tout refus doit désormais être motivé par l'employeur.
Autre simplification : l'autorisation de temps partiel thérapeutique reste accordée dans la limite d'une année, mais sans obligation de renouvellement intermédiaire tous les un à trois mois. Cela supprime les démarches répétitives pour les agents. Le taux de travail demeure compris entre 50 % et 90 % d'un temps plein, et les conditions de rémunération n'évoluent pas.
Arrêts maladie : durées plafonnées et nouveau formulaire obligatoire
À partir du 1er septembre 2026, tout avis d'arrêt de travail au format papier devra utiliser un formulaire Cerfa sécurisé, mesure déjà en vigueur dans le secteur privé depuis septembre 2025. Cette obligation vise à lutter contre la vente de faux certificats. La durée maximale d'une première prescription d'arrêt maladie est plafonnée à 31 jours, et chaque prolongation ne peut excéder 62 jours. Le médecin prescripteur peut déroger à ces limites selon la situation médicale de l'agent et les recommandations de la Haute Autorité de santé.
La rémunération lors d'une prolongation d'arrêt sera maintenue uniquement si la prolongation émane du médecin qui a établi l'arrêt initial, sauf exception prévue par la réglementation. Les agents publics pourront également suivre une formation ou un bilan de compétence durant un congé maladie, sous réserve d'un avis favorable d'un médecin agréé. L'employeur peut enfin procéder à un contrôle administratif du domicile ou du lieu de repos de l'agent en congé maladie, lorsque le prescripteur a imposé une obligation de présence. En cas de refus ou d'absence injustifiée, la rémunération est interrompue jusqu'à la fin de l'arrêt.
Depuis le 1er août, les médecins agréés peuvent recourir à la télémédecine pour examiner les agents en congé maladie, dans le respect des règles du Code de la santé publique. À partir du 1er janvier 2028, une procédure de « préparation de la reprise du travail » pourra être mise en œuvre pour tout arrêt dépassant 30 jours : un médecin agréé coordonnera avec le médecin du travail pour préparer la reprise ou envisager des actions de formation.
Pour aller plus loin
- Congé de longue maladie (CLM) du fonctionnaire
- Congé de longue durée (CLD) du fonctionnaire
- Congé pour invalidité temporaire imputable au service (Citis) du fonctionnaire
- Qu'est-ce que la disponibilité d'office pour raison de santé du fonctionnaire titulaire ?
- Un fonctionnaire peut-il travailler à temps partiel pour raison thérapeutique ?